Linux PCの立ち上げ
Linux PCが不調となり起動も怪しい感じとなったのでOSをクリーンインストールして再度1から組み直したのでその時の様子を以下にまとめる.
OS:Ubuntu 18.04LTS
1 HDF5のインストール
zlibのページからソースをダウンロード
tar -zxf zlib-1.2.11.tar.gz cd -zxf zlib-1.2.11 ./configure --prefix=/usr/local make sudo make install
szip についても同様に行う.
tar -zxf szip-2.1.1.tar.gz cd szip-2.1.1/ ./configure --prefix=/usr/local make sudo make install
HDF5のインストール
The HDF5 Group のページから,HDF5 のソースをダウンロード
tar -zxf hdf5-1.12.0 cd hdf5-1.12.0 ./configure --enable-fortran --with-szlib=/usr/local \ --enable-threadsafe --with-pthread=/usr/include/,/usr/lib/x86_64-linux-gnu \ --enable-hl --enable-shared --enable-unsupported \ --prefix=/usr/local/hdf5-1.12.0
configureの後,以下のようにインストール
make make check # 時間がかかる sudo make install
NETCDFのインストール
まずは環境の設定(gfortran, gcc)
export FC=gfortran export CC=gcc
先にインストールしたHDF5に対するPATHが通っている必要あり(ここではhdf5-1.12.0に対してhdf5の名前でシンボリックリンクが貼ってある)
export CPATH=$CPATH:/usr/local/hdf5/include export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/usr/local/hdf5/lib
NETCDF-Cのインストール
tar -zxf netcdf-c-4.7.4 cd netcdf-c-4.7.4
この作業後,curl.h のある場所を探す必要がある
curlについてはlibcurlのダウンロードが必要であったのでapt-get libcurlを実行済み
export NCDIR=/usr/local/netcdf-c-4.7.4 export CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I/usr/local/hdf5/include" export LDFLAGS="-L/usr/local/lib -L/usr/local/hdf5/lib" ./configure --prefix=${NCDIR} --enable-netcdf-4 --enable-shared --enable-dap --disable-dap-remote-tests \ --with-curl=/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl make make check sudo make install
NETCDF-Cが無事に完了した後NETCDF-fortranをインストール
まず,NetCDF-C のインストールで得た nc-config というコマンドのシンボリックリンクを /usr/local/bin のような PATH が通っている場所に作成しておく.
cd /usr/local/bin ln -s ../netcdf-c-4.7.4/bin/nc-config nc-config # シンボリックリンク作成 nc-config --prefix # 確認
環境設定
su export CC=gcc export FC=ifort
export NCDIR=$(nc-config --prefix) export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:$(nc-config --libdir)
実行
export CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include # or $(nc-config --include) export LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib # or $(nc-config --libs) export NFDIR=${NCDIR} ./configure --prefix=${NFDIR} --disable-fortran-type-check make check make install
インストール後は bin に nf-config を貼付
cd /usr/local/bin sudo ln -s ../netcdf4-c-4.7.4/bin/nf-config nf-config
ここまでを.bashrc に記述
# PATH for libraries export LD_LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/hdf/lib" export LIBRARY_PATH="${LIBRARY_PATH}:/usr/local/hdf/lib" export PATH="${PATH}:/usr/local/hdf/lib" # PATH for netcdf export NETCDF_CONFIG='nc-config' export NETCDF_ROOT="$(${NETCDF_CONFIG} --prefix)" export NETCDF_F_CONFIG='nf-config' export NETCDF_F_ROOT="$(${NETCDF_F_CONFIG} --prefix)" export LD_LIBRARY_PATH="${NETCDF_ROOT}/lib":${LD_LIBRARY_PATH}
とりあえずNETCDFのインストールまでで一区切り
環境やファイルの名前は個人のPCによって変わるため注意が必要
以下のサイトを見ながら作業を行った