Linux PCの立ち上げ

Linux PCが不調となり起動も怪しい感じとなったのでOSをクリーンインストールして再度1から組み直したのでその時の様子を以下にまとめる.

OS:Ubuntu 18.04LTS

1 HDF5のインストール

zlibのページからソースをダウンロード

tar -zxf zlib-1.2.11.tar.gz
cd -zxf zlib-1.2.11
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

szip についても同様に行う.

tar -zxf szip-2.1.1.tar.gz 
cd szip-2.1.1/
./configure --prefix=/usr/local
make 
sudo make install 

HDF5のインストール
The HDF5 Group のページから,HDF5 のソースをダウンロード

tar -zxf hdf5-1.12.0
cd hdf5-1.12.0
./configure --enable-fortran  --with-szlib=/usr/local  \
            --enable-threadsafe  
            --with-pthread=/usr/include/,/usr/lib/x86_64-linux-gnu  \
            --enable-hl --enable-shared --enable-unsupported \
            --prefix=/usr/local/hdf5-1.12.0  

configureの後,以下のようにインストール

make
make check # 時間がかかる
sudo make install

NETCDFのインストール

まずは環境の設定(gfortran, gcc)

export FC=gfortran
export CC=gcc

先にインストールしたHDF5に対するPATHが通っている必要あり(ここではhdf5-1.12.0に対してhdf5の名前でシンボリックリンクが貼ってある)

export CPATH=$CPATH:/usr/local/hdf5/include
export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH:/usr/local/hdf5/lib

NETCDF-Cのインストール

tar -zxf netcdf-c-4.7.4
cd netcdf-c-4.7.4

この作業後,curl.h のある場所を探す必要がある
curlについてはlibcurlのダウンロードが必要であったのでapt-get libcurlを実行済み

export NCDIR=/usr/local/netcdf-c-4.7.4
export CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I/usr/local/hdf5/include"  
export LDFLAGS="-L/usr/local/lib -L/usr/local/hdf5/lib"
./configure --prefix=${NCDIR} --enable-netcdf-4 --enable-shared --enable-dap --disable-dap-remote-tests \
            --with-curl=/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl 

make
make check
sudo make install

NETCDF-Cが無事に完了した後NETCDF-fortranをインストール

まず,NetCDF-C のインストールで得た nc-config というコマンドのシンボリックリンクを /usr/local/bin のような PATH が通っている場所に作成しておく.

cd /usr/local/bin
ln -s ../netcdf-c-4.7.4/bin/nc-config nc-config # シンボリックリンク作成
nc-config --prefix # 確認

環境設定

su
export CC=gcc
export FC=ifort
export NCDIR=$(nc-config --prefix)
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:$(nc-config --libdir)

実行

export CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include # or $(nc-config --include)
export LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib # or $(nc-config --libs)
export NFDIR=${NCDIR}
./configure --prefix=${NFDIR} --disable-fortran-type-check
make check
make install

インストール後は bin に nf-config を貼付

cd /usr/local/bin
sudo ln -s ../netcdf4-c-4.7.4/bin/nf-config nf-config

ここまでを.bashrc に記述

# PATH for libraries
export LD_LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/hdf/lib"
export LIBRARY_PATH="${LIBRARY_PATH}:/usr/local/hdf/lib"
export PATH="${PATH}:/usr/local/hdf/lib"

# PATH for netcdf
export NETCDF_CONFIG='nc-config'
export NETCDF_ROOT="$(${NETCDF_CONFIG} --prefix)"
export NETCDF_F_CONFIG='nf-config'
export NETCDF_F_ROOT="$(${NETCDF_F_CONFIG} --prefix)"
export LD_LIBRARY_PATH="${NETCDF_ROOT}/lib":${LD_LIBRARY_PATH}

とりあえずNETCDFのインストールまでで一区切り

環境やファイルの名前は個人のPCによって変わるため注意が必要

以下のサイトを見ながら作業を行った

https://hydrocoast.jp/index.php?Ubuntu/Install_HDF5

https://hydrocoast.jp/index.php?Ubuntu/Install_NetCDF

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